La investigación que se realiza en el IIDE permite vincular estrechamente la generación del conocimiento con su aplicación para la solución de problemas del entorno, al mismo tiempo de contribuir a la formación de futuros investigadores educativos.

Los proyectos de investigación se agrupan en tres Líneas de Generación y Aplicación del Conocimiento: Evaluación educativa; Discurso, identidad y prácticas educativas; y Tecnología Educativa. De estos grandes ejes se desprenden un número importante de proyectos de investigación de alcance regional, nacional e internacional, y un conjunto de proyectos que atienden demandas específicas dela propia institución.

La viabilidad de estos proyectos se logra a través del concurso de recursos en convocatorias internacionales, nacionales, estatales e institucionales.