A  principios de 1989, Eduardo Backhoff Escudero y Edna Luna Serrano, inspirados en el modelo del Centro de Investigaciones y Servicios Educativos (CISE) de la UNAM, propusieron la creación de un Centro de Estudios y Desarrollo Educativo de la UABC que tuviera como propósito identificar, explicar y dar respuesta a las temáticas y exigencias propias del quehacer educativo de esta universidad. La propuesta fue presentada a rectoría y sirvió como fundamentación para la creación del actual Instituto de Investigación y Desarrollo Educativo (IIDE), propuesta aprobada el 24 de agosto de 1990 por el Consejo Universitario.

El IIDE inicia formalmente sus actividades en febrero de 1991 bajo la dirección del Mtro. Horacio González, con sede en la Unidad Mexicali y el personal académico distribuido en las Unidades de Ensenada y Tijuana. Tras operar un año sin director, el Rector Luis Lloréns Báez nombra director del Instituto, en agosto de 1993, al Mtro. Eduardo Backhoff Escudero, quien fungiría como director durante diez años. A partir de 2003 se desempeña como directora del IIDE la Dra. Graciela Cordero Arroyo, puesto que ocuparía hasta finales de 2011.

A 22 años de su creación, el IIDE se ha convertido en una unidad académica que goza del reconocimiento nacional e internacional por su orientación a la generación, aplicación, difusión, divulgación y transferencia del conocimiento científico y tecnológico en materia educativa. Con los proyectos y actividades que realiza no sólo contribuye al desarrollo educativo de la UABC, de Baja California y del país, también forma profesionales de la investigación con un alto nivel de especialización.

El reconocimiento de CONACYT a la calidad de los programas de Maestría y Doctorado en Ciencias Educativas, el grado de consolidación que denotan sus líneas de investigación y de sus cuerpos académicos, el alto nivel de habilitación y producción de su comunidad académica, la movilidad e intercambio académico que registran sus investigadores y estudiantes, la participación de sus investigadores en diversas redes académicas nacionales e internacionales, la publicación  de la REDIE y su inserción en el catálogo de revistas mexicanas de investigación científica y tecnología de CONACYT, y la vinculación que el IIDE sostiene con un número importante de instituciones y organismos de los sectores público, social y privado, así como con áreas y unidades académicas de la propia UABC a través del desarrollo de proyectos, asesoría, cursos y servicios educativos, forman parte de los principales logros y del quehacer de la comunidad académica que conforma este Instituto.