El IIDE cuenta con los programas de Maestría y Doctorado en Ciencias Educativas. Ambos cuentan con el reconocimiento del PNPC de CONACYT y han sido evaluados recientemente como programas consolidados por este organismo.

La rigurosidad del proceso de admisión, la pertinencia de sus planes de estudio, el prestigio del que goza la planta académica, y el acompañamiento que reciben los estudiantes en las actividades de investigación en las que participan, constituyen componentes centrales para el aseguramiento de la calidad de estos programas.